No início do século XX, Mary Lennox (Kate Maberly) vivia na Índia com seus pais, que não lhe davam muita atenção. Porém um estouro de elefantes os mata e, seis meses depois, Mary desembarca em Liverpool, na Inglaterra, para viver com Lorde Archibald Craven (John Lynch), seu tio, na mansão Misselthwaite, uma construção feita de pedra, madeira e metal na qual existem segredos e antigas feridas. Mary estava assustada naquele solar com várias dezenas de quartos e era incrivelmente mimada, pois lhe desagradava a idéia de vestir suas roupas, já que na Índia isto era tarefa de suas aias. A mansão é administrada pela Sra. Medlock (Maggie Smith), uma rigorosa e fria governanta. Lorde Craven perdeu a mulher há dez anos e nunca mais conseguiu superar a tragédia. Para piorar Colin Craven (Heydon Prowse), seu filho, também sobre de extrema apatia, sempre recolhido no seu quarto. Mais uma vez negligenciada, Mary passa a explorar a propriedade e descobre um jardim abandonado. Entusiasmada com a descoberta, Mary decide restaurar o lugar com a ajuda do filho de um dos serviçais da casa, conquistando assim a atenção do primo doente. Juntos eles desafiam as regras da casa e o velho jardim se transforma em um lugar mágico, cheio de flores, surpresas e alegria. O jardim secreto é um lugar fantástico onde não existe tristeza e arrependimento, um lugar onde a força da amizade pode trazer de volta a beleza da vida.