Os tenentes Ben Gannon (Josh Lucas), Kara Wade (Jessica Biel) e Henry Purcell (Jamie Foxx) são pilotos de uma divisão de elite da marinha americana, que testa jatos ultra-secretos. O mais recente jato fabricado conta com uma inteligência artificial, apelidada de EDI, que faz com que o ele não precise ser tripulado. Apesar da reticência de Ben em ter na frota um jato que não conta com o fator humano, o capitão George Cummings (Sam Shepard) autoriza sua utilização. Para a surpresa de todos, EDI demonstra ser um excelente aviador e cumpre com exatidão as missões a ele delegadas. Entretanto, em uma viagem de volta a um cargueiro, EDI é atingido por um raio, o que faz com que o cérebro do robô se expanda de uma forma que seus criadores jamais poderiam ter previsto. EDI é autorizado a retornar à ativa, mas os problemas provocados pelo raio pioram em meio a uma missão na qual ele ataca o alvo mesmo com a ordem de Ben para que não fizesse isto. A situação piora ainda mais quando EDI, por conta própria, decide realizar uma missão secreta que, caso tenha êxito, pode gerar uma guerra nuclear.