A tenente Ripley (Sigourney Weaver) se matou para não permitir que o governo levasse um monstruoso alienígena para o nosso planeta. Mas, após 200 anos, em uma nave espacial, ela acorda e descobre que cientistas a ressuscitaram através da clonagem e conseguiram com sucesso retirar a rainha dos alienígenas de seu corpo. A intenção é ter um exército de aliens que, acreditam eles, possam controlar. Durante este processo o DNA da tenente é misturado com o da rainha, o que faz com que o clone de Ripley desenvolva algumas características alienígenas. Os pesquisadores começam a criar os aliens, mas estes logo escapam, provocando terror e morte. Como a nave está rumando para a Terra, eles precisam ser detidos o quanto antes, principalmente pelo fato da rainha ter tido uma nova ninhada, que poderá significar o fim dos humanos. Neste contexto, apenas a tenente e alguns contrabandistas, que se encontram na nave naquele momento, podem impedir esta tragédia.